此次重大调整后，该校内设党政管理机构整合重组。党办、校办合而为一，15个人的工作岗位减成10个。人少了，但效率却提高了。学校办公室主任牛富俭说，这是强强联合的效果。以“文件签转”这个小环节来说，从过去层层批转却时常因责权不明返工重签，到现在一竿子到底，学校办公室直接负责，办公、办事效率大幅提升，真正做到高效运转、高效落实。而最受瞩目的职称评定晋级也彻底明确“优先向教学一线倾斜”，教师热情一下子被点燃，自我提升去考研、考博，主动申请投身一线的人越来越多。

此次重大调整后，该校原来的临床护理学院、中医药学院、医学技术学院“三大院”，“裂变”为临床医学院、护理学院、中医学院、药学院、口腔医学院、医学技术与工程学院“六大院”，再增设体育教学部，与原来的马克思主义学院、基础医学院、公共基础教学部共同构成“八院两部”格局。其中，该校龙头学院——临床医学护理学院一分为二，4489名学子统一划至护理学院。

该校明确提出“教授治学，二级学院办大学”的理念。此时的二级学院不再是单纯的听令学校、指东打东的下属单位，而是成为拥有独立财权、事权、人权的个体。学校办公室主任牛富俭表示：“学院经费的划拨与各学院具体的学生人数挂钩，学校的规划、学院课程设置由各二级学院院长、教授共同参与、研讨并制定。学生毕业就业率又与学院的整体发展、架构调整相连。”

“在经过广泛调研的基础上，我们提出‘坚持落实党委领导下的校长负责制，遵循教授治学，二级学院办大学’的理念，以果敢的决心，将机构改革作为‘着力点’，‘涉险滩’‘闯难关’‘啃硬骨头’。”甘肃卫生职业学院党委书记包磊说，将“教授治学，二级学院办大学”的理念落到实处，推动学校机构设置更趋科学合理，实现了全校由建设“重机关、轻学院”向“重学院、轻机关”的华丽转身。